Короткий ответ
Да, разница есть. При штатном отключении 12-вольтового аккумулятора обычно сначала отсоединяют отрицательную клемму, а затем положительную. Это снижает риск короткого замыкания через инструмент и кузов автомобиля. Подключают в обратном порядке: сначала положительную, затем отрицательную. Отключение клеммы не используют для ремонта или гарантированного удаления ошибок: могут пропасть настройки и потребоваться процедуры из руководства конкретной модели. Читайте также: какую клемму накидывать первой и почему снятие клеммы не сбрасывает ошибки.

Источник
Обновление ответа
TechHelp систематизирует информацию из открытых источников. Данные могут зависеть от модели и условий эксплуатации; критически важные параметры сверяйте с документацией производителя.